Do Česka vtéká Lužnice u Českých Velenic a začíná zde tvořit četné meandry, slepá ramena a tůně v prakticky nedotčené přírodě. Zdejší Přírodní rezervace Horní Lužnice patří již do Chráněné krajinné oblasti a biosférické rezervace Třeboňsko. Tato část toku až po Suchdol nad Lužnicí je zatím, z důvodu ochrany přírody, uzavřena. Očekává se však, že v průběhu několika let bude možné i tuto nádhernou krajinu projít po pěší turistické trase. Proto trasa Stezky v Česku začíná v Chlumu u Třeboně (zde končí rakouský úsek Stezky Mladá Lužnice). Odtud se pak vrátí k řece Lužnici pod obcí Suchdol nad Lužnicí. O něco níže se trasa dělí na trasu A, směřující podél Staré řeky (původní Lužnice) do města Třeboně, k rybníku Rožmberk a odtud do města Veselí nad Lužnicí. Trasa B běží podél Nové řeky, do města Stráž nad Nežárkou, dále k soutoku Nové řeky s Nežárkou a podél Nežárky rovněž do Veselí nad Lužnicí. Úsek Horní Lužnice končí v tomto městě, kde se obě trasy scházejí. 

Obecně se dá říct, že zde trasy stezky procházejí hlubokými lesy, podél mnoha rybníků, Staré i Nové řeky a překračují mnoho umělých kanálů, napájejících a obtékajících mnoho rybníků. Turistovi se většina rybníků, vybudovaných v 15. a 16. století jeví jako jezera – tak jsou doslova vrostlé do zdejší lesnaté přírody. Na trasách se vyskytují jen minimální stoupání či klesání.

Z hlediska historických památek je nesporně nejbohatší samotné město Třeboň. Půdorys města svědčí o historickém, dokonale opevněném městě s klášterem a rozsáhlým zámkem. Jednotlivé historické stavby, jako jsou zámky, kláštery, kostely a měšťanské domy, jsou však i v dalších městech, tj. v Chlumu u Třeboně, ve Stráži nad Nežárkou, v Lomnici nad Lužnicí i ve Veselí nad Lužnicí. Historii tohoto území ovlivňovaly dva významné české šlechtické rody: Rožmberkové od 13. do 17. stol. a Schwarzenbergové od 17. do 20. století.

Nádherná, průmyslem téměř nedotčená krajina zde leží prakticky celá v Chráněné krajinné oblasti Třeboňsko, ve které je řada přírodních rezervací a naučných stezek.

Řeka Lužnice, obě umělé řeky (druhá se jmenuje Zlatá stoka a protéká Třeboní) a řada rybníků jsou rájem pro vodní sporty, zejména pro vodní turistiku. Ve městě Třeboň jsou dva velmi oblíbené lázeňské komplexy, zaměřené zejména na léčbu pohybového ústrojí. Třeboň je také centrem rybníkářství: známý třeboňský kapr přichází tradičně na vánoční stoly v celé střední Evropě. Je proto dobré jej ochutnat v řadě zdejších gastronomických zařízeních, které tuto pochoutku nabízejí.

Etapy v tomto úseku