Tato část toku začíná ve městě Veselí nad Lužnicí, kde se do řeky Lužnice vlévá řeka Nežárka, kterou se vrací zpět voda odvedená Novou řekou. Trasa zde vede stále krásnou plochou krajinou, na obou stranách se však začínají objevovat zvlněné pahorky. Brzy přichází do největšího města tohoto úseku Soběslavi, které je zároveň i nejvýznamnějším historickým městem tohoto úseku. I zde se stále ještě projevuje historický vliv rodu Rožmberků. Zároveň však již přicházíme do „husitského“ kraje, neboť v rámci tohoto úseku naše trasa prochází nedaleko zříceniny Kozí hrádek, kde několik let kázal Mistr Jan Hus.

Nad Soběslaví řeka Lužnice protéká poměrně hustě obydleným územím s řadou průmyslových areálů, a proto podle ní nevede žádná značená pěší turistická trasa. Proto se trasa naší stezky od řeky odpoutává a běží na horu Choustník (670 m n. m.), na jejímž vrcholu je rozsáhlá zřícenina středověkého hradu Choustník. Věž hradu slouží dnes  jako úžasná rozhledna, ze které je při dobré viditelnosti na jih vidět až k hraničním horám a na sever pak ke středočeské pahorkatině, která v dávnověku zabránila řece Lužnici v jejím toku na sever, obrátila ji na jihozápad a donutila ji k proražení hlubokého skalnatého údolí (úsek Dolní Lužnice). Z Choustníku se naše trasa vrací poblíž zříceniny Kozího hrádku zpět k Lužnici do města Sezimovo Ústí. Toto město má velmi dlouhou historii, neboť bylo sídelním městem starého českého rodu Vítkovců, z jehož jedné větve vznikl rod Rožmberků s pětilistou červenou růží na bílém podkladě ve znaku. Město Sezimovo Ústí dnes prakticky srostlo s městem Tábor. Právě na rozhraní těchto měst končí úsek stezky Střední Lužnice.

Trasa naší stezky i v úseku Střední Lužnice prochází mimo již uvedená města kolem celé řady historických objektů, které turistovi dokreslí historii i charakter zdejšího kraje. Tu je zde možno nejlépe hlouběji poznat v muzeu ve městě Soběslav.

Na rozdíl od úseku Horní Lužnice je zde již více průmyslu, ale stále ne takového, který by výrazně negativně ovlivňoval zdejší čisté životní prostředí. Zajímavý je z tohoto pohledu strojírenský závod v Sezimově Ústí (Sezimovo Ústí II.), který ve 30. letech min. stol. postavil světoznámý český podnikatel Tomáš Baťa, aby zde vyráběl výrobní obuvnické stroje a další technologická zařízení pro svoje světové obuvnické impérium. 

Etapy v tomto úseku